1）消字号是卫生消毒用品生产单位在生产新品前，经地方卫生部门审核批准后，取得产品执行标准。
2）国药准字是通过国家药监局核发的批准文号，每个药只有一种，现在只有国药准字号的药品才符合国家药品要求（进口药品要有检验报告）
3）消字号和国药准字号有着本质的差别：
消字号仅属于卫生消毒用品范畴，而国药准字号是真正具备疗效的药品。
消字号仅有消毒功能不具备治疗效果，而国药准字号以治疗作用作为首要目标，具有针对性治疗功能。
消字号产品的许可证发放与管理仅由省级以下卫生行政部门负责，审批时间二个月，检测指标主要菌落总数，重金属，微量元素；而准字号则专门由国家食品药品监督管理局审批，并且要经过药理、病理、毒副作用测试和临床验证等一系列环节，在确保安全有效的情况下才可能批准，整个过程通常需要5-10年，费用也高达数百万甚至数千万元。
二者在工艺方面的生产条件不同。